Each time I rejoin the echo system its terrain (green and tan colors) of my part of the ecosystem are in a different configuration. Why is that?  If my part of the echo system is not stable terrain, doesn't that skrew things up.
     Also my creature counts do not match waht I'm seeing on the screen.  Does any one know why?

Q: Each time I rejoin the echo system its terrain (green and tan colors) of my part of the ecosystem are in a different configuration. Why is that?
A: Hmm, I've never noticed it before.  I wonder if it does that on mine.

Q: If my part of the echo system is not stable terrain, doesn't that skrew things up.
A: No, it's just like you got cut off from the rest of the world.  I've seen interesting things happen when the communication goes down but the terrarium is still running.  Overall has little impact.

Q: Also my creature counts do not match waht I'm seeing on the screen. Does any one know why? 
A: Are you counting dead animals (you should)?  Did you pan around and count all the critters?  I would think that it'd be rather difficult to get an accurate count by counting them manually.

Terrain is dynamically generated, so yes, it should do that on yours as well.  All of the graphics are dynamically constructed and don't persist any state.  That said, each time you reload the state of the Terrarium itself is used to build a graphics state for things like creatures, their positions, and their actions.  It is a pretty basic graphics system.