Are the command line compilers that come with the  .NET Framework SDK supposed to quit a few seconds after they get opened? If it is supposed to then how do you compile a program with it and make an assembly that the terrarium can open and can be run?

you should run the tool with the command window, use the approriate swithces for your itention e.g csc /t:library *.cs /out:myComp.dll , will compile all the cs file into myComp.dll